Morihei Ueshiba (noszący tytuł o-sensei czyli "Wielki Mistrz") opracował aikido opierając się na swoich doświadczeniach z Daito—ryu aikijutsu oraz walki za pomocą włóczni yari i krótkiego kija jo. Jednak prawdopodobnie największy wpływ na formy aikido miała sztuka walki japońskim mieczem katana. W wielu przypadkach ruchy osoby ćwiczącej aikido przypominają ruchy szermierza bez miecza. Występujące w aikido uderzenia shomenuchi i yokomenuchi wywodzą się z ataku z bronią, a odpowiadające im techniki – z form odbierania broni. Część szkół aikido nie uwzględnia ćwiczeń z bronią. Inne, jak Iwama Ryu, dużą część czasu poświęcają na trening z drewnianym mieczem bokken, kijem jo i nożem tanto.

Morihei Ueshiba rozwijał swoją sztukę walki przez większą część życia. W latach dwudziestych i trzydziestych XX wieku nauczał jej pod nazwą Aiki-Bujutsu („sztuka walki aiki”), a następnie Aiki-Budo („droga walki aiki”). W 1944 po raz pierwszy użył na jej określenie nazwy aikido („droga aiy ki”).

W 1940 została zawiązana Fundacja Aikikai, której pierwszym przewodniczącym został syn Morihei Ueshiby, Kisshomaru Usheiba. Fundacja ta do dziś jest najważniejszą organizacją w świecie aikido. Jednym z jej podstawowych zadań jest propagowanie aikido na świecie.

Aikido trafiło na Zachód w 1951, gdy Minoru Mochizuki odwiedził Francję. W Stanach Zjednoczonych zostało wprowadzone w 1953 przez Kenji Tomiki i następnie przez Koichi Tohei. W Wielkiej Brytanii pojawiło się w 1955, a w Niemczech i Australii w 1965. W Polsce pierwsza sekcja aikido powstała w 1976. Obecnie dojo aikido znajdują się prawie na całym świecie.

W 1975 powstała Międzynarodowa Federacja Aikido (IAF - International Aikido Federation), powołana przez Fundację Aikikai i narodowe organizacje aikido na świecie. IAF jest członkiem GAISF (The General Association of International Sports Federations). Jednym z zadań IAF jest prezentacja aikido jako dyscypliny pokazowej podczas Word Games (Igrzysk Sportów Nieolimpijskich, organizowanych pod patronatem MKOL). W skład IAF wchodzi 43 organizacji narodowych aikido. Polska jest reprezentowana przez Polską Federację Aikido.